教你有效地找到抗生素候选物

• 教你有效地找到抗生素候选物
  
  
  
  
  
  今天在杂志上发表的一篇文章中，来自卡内基梅隆大学的研究人员; 加州大学圣地亚哥分校; 俄罗斯圣彼得堡国立大学描述了一种寻找微生物产生的大量化合物库的新方法。通过分析化合物的质谱，他们能够识别储存库中的已知化合物，并将其从进一步分析中排除，转而关注未知变体 - 大海捞针 - 可能是更好或更有效的抗生素，抗癌药物或其他药物。
  
  在短短一个星期内，在100台计算机上运行，​​该算法称为Dereplicator +，在加州大学圣地亚哥分校的全球天然产物社会分子网络中通过十亿个质谱进行分类，并确定了5,000多种有希望进一步研究的有希望的未知化合物，Hosein说Mohimani，CMU计算生物学系助理教授，也是该文章的第一作者。
  
  现在，任何研究人员都可以使用为该分子搜索引擎提供动力的算法来研究其他存储库。
  
  过去，质谱数据库一直未得到充分利用，因为很难对其进行检索，因为迄今为止这些努力一直受到已知化合物重新发现的高速率的困扰。
  
  “人们重新发现青霉素的次数令人难以置信，”Mohimani说。
  
  分析化合物的质谱 - 基本上，对已经电离的样品中的质量的测量 - 是识别可能的新药物的相对便宜的方式。但是现有技术主要限于肽，其具有简单的结构，例如链和环。
  
  “我们只是看着冰山一角，”Mohimani说。
  
  为了分析大量具有纠缠结构和多个环和分支的复杂化合物，研究人员开发了一种预测质谱仪如何分解分子的方法。从最弱的环开始，该方法模拟了分子分离时会发生什么。使用5,000种已知化合物及其质谱，他们训练了一个计算机模型，然后可用于预测其他化合物如何分解。
  
  Mohimani表示，Dereplicator +不仅可以识别不需要进一步研究的已知化合物，而且还可以找到在样品中未检测到的已知化合物的不常见变体。